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Bio-Rad公司和Illumina公司同开发针对单细胞的新一代测序工作站

放大字体  缩小字体 发布日期:2016-01-15 08:37  浏览次数:196
摘 要:近日,Bio-Rad公司和Illumina公司达成合作协议共同开发针对单细胞的新一代测序工作站,单细胞分析领域在过去几年里发生着翻天覆

近日,Bio-Rad公司(http://www.chemdrug.com/company/)和Illumina公司达成合作协议共同开发针对单细胞的新一代测序工作站,单细胞分析(http://www.chemdrug.com/sell/76/)领域在过去几年里发生着翻天覆地地变化,而两家公司的这项合作也将会对很多竞争性技术的企业(http://www.chemdrug.com/company/)带来一定影响。

Illumina公司 CEO Jay Flatley在本周举办的摩根大通(JP Morgan)医疗(http://www.chemdrug.com/invest/253/)会议(http://www.chemdrug.com/exhibit/)上表示,这项合作被预期将会为单细胞分析带来一种具有成本效益、端到端、高通量且具有一定规模性的平台,公司这项合作计划预期将在2016年早些时候完成。我们认为结合两家公司的技术和知识产权将会为整个市场提供基本的产品(http://www.chemdrug.com/invest/)需求。

一旦这种新型工作站系统启动,其就会在短短几个小时时间内,以每个细胞1美元的价格来对10000个细胞进行分析。目前,公司并没有披露大概的总运行时间。基于这项合作协议,Bio-Rad公司也将开发出QX200仪器(http://www.chemdrug.com/sell/23/)的修正版本及可产生微滴的试剂(http://www.chemdrug.com/sell/21/)盒,这种微滴中将包括单细胞和条形码珠子。

Bio-Rad公司高级副总裁Annette Tumolo在邮件中告诉GenomeWeb,公司目前正在开发新型仪器,这种新型仪器将利用公司的核心微滴分区技术来包裹细胞;在细胞裂解及细胞RNA同微滴中的珠子进行杂交后,乳浊液就会破碎,而且在一系列的样品准备步骤后,混合液就会进入到一种由Illumina公司开发的无菌文库准备过程中。测序过程完成后,数据就会流入到Illumina公司的baseSpace平台中,baseSpace是一种基于云服务的平台,其可以提供第三方及内部开发的生物信息学应用程序,以便被分析及报告。

Flatley表示,这种工作站将会为整个市场提供最具有整合性的端到端的单细胞解决方案,同时在未来也会被进行有效的扩张来包括很多新型的应用;这项商业性的合作计划将会利用合作双方公司各自的渠道,即利用Bio-Rad公司销售修饰化液滴的生成工具,同时利用Illumina公司销售所有耗材(http://www.chemdrug.com/sell/24/),包括单一试剂盒中的液滴盒子(droplet cartridge)。

两家公司目前在这项计划中已经取得了初步的进展,很多概念验证实验目前都已经进行了,而且样本中的细胞纯度都超过了90%,即包含了450个单一的细胞,利用大部分的RNA-seq方法都证明这些细胞具有良好的一致性。Illumina公司目前主要集中于围绕数字流体来改善开发工具的标准化;Flatley说道,目前公司的目的就是为第三方开发者提供新技术,从而帮助其利用数字流体技术来开发新的应用。

目前在单细胞中进行的大量工作都很有必要利用小细胞数量来进行,而科学家们所开发的新型工作站也将会抑制这些细胞集群扩展成为大的细胞集群;早在2014年,Bio-Rad公司就已经收购了基于液滴测序的公司GnuBio,旨在进行临床新一代测序系统的商业化用途。但此次同Illumina公司进行合作与前者并无关联。

目前在单细胞测序领域有很多公司,值得注意的是富鲁达(Fluidigm)公司是第一个开发并且进行产品推广的供应(http://www.chemdrug.com/sell/)商;该公司发言人Howard High表示,我们在很多公司的公告中都发现他们都计划进入这个市场;该公司预计未来还有很多公司将会进入到这个飞速增长的市场中,从而扩大许多可用的解决方案。

目前富鲁达公司的C1系统可以帮助科学家快速分离、处理并且对单一细胞的基因组进行分析,该系统可以同时分析多达800个细胞,还可以进行单细胞的mRNA测序,靶向DNA测序,进行全外显子组测序及基因组测序,同时还可以进行靶向基因表达及miRNA的表达特性研究。

与此同时富鲁达公司还在瑞典和澳大利亚形成了全球的伙伴联盟来开启单细胞基因组中心;BD公司最近也发起了对但细胞基因组的细胞分类及分析研究,Qiagen公司同Cell Microsystems公司也达成了合作协议来开发分离且分析单细胞的商业化技术,同时WaferGen公司也早在去年10月份发起了一种名为ICell8的用于单细胞基因组学研究的单细胞系统。

Cellular Research公司的Resolve系统预期会在2016年推出,该系统将和Illumina及Bio-Rad公司联合推出的工作站非常相似,用于对每细胞一美元的多达10000个细胞进行分析。

 
 
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