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鹅源新城疫病毒基因组密码子使用分析

放大字体  缩小字体 更新日期:2018-05-08  浏览次数:5
摘 要:新城疫病毒(Newcastle Disease Vires,NDV)的跨种间传播机制是近年来研究的热点。选择NDV鹅源毒株ZJ1、SF02及鸡源株、鸽源株和疫苗株LaSore株的全基因组序列,对其6个
  • 【题 名】鹅源新城疫病毒基因组密码子使用分析
  • 【作 者】曹永忠 顾敏 刘文博 刘秀梵
  • 【机 构】扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室,江苏扬州225009
  • 【刊 名】《中国家禽》 2009年第31卷第11期,19-23页
  • 【关键词】新城疫病毒 密码使用 比较
  • 【文 摘】新城疫病毒(Newcastle Disease Vires,NDV)的跨种间传播机制是近年来研究的热点。选择NDV鹅源毒株ZJ1、SF02及鸡源株、鸽源株和疫苗株LaSore株的全基因组序列,对其6个结构蛋白基因编码区序列运用SMS和CodonW软件进行了密码子使用分析,同时从物种密码子数据库获得鹅、鸡的密码子使用数据,与NDV基因组密码子使用情况进行比较。结果显示:鹅源、鸡源、鸽源与疫苗株NDV的基因组密码子使用情况基本一致;基因组密码子使用的偏向性较小,全基因组ENC值为57,6个编码基因的NEC值从54-60不等;基因组在密码子使用上存在28个优先使用的密码子,其中8个为高频使用密码子。鹅源NDV与鹅、鸡密码子使用偏性基本一致,仅5-6个密码子存在差异。
 
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