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B组轮状病毒WH-1株NSP2基因序列和蛋白质结构分析

放大字体  缩小字体 更新日期:2018-11-21  浏览次数:5
摘 要:目的 克隆成人腹泻标本WH-1中B组轮状病毒组(group Brotavirus,GBRV)非结构蛋白NSP2基因,分析其核苷酸序列,比较与其它GBRV基因同源性,预测其mRNA二级结构、蛋白质二级结
  • 【题 名】B组轮状病毒WH-1株NSP2基因序列和蛋白质结构分析
  • 【作 者】李维琳 唐力 王斌 唐少文 N.Kobayashi 李燕 段纪俊 杨继红
  • 【机 构】[1]武汉市疾病预防控制中心 [2]华中农业大学生命科学院 [3]DepartmentofHygiene,SapporoMedicalUniversityMedicineSchool [4]中国科学院武汉病毒研究所分子病毒学重点实验室,SapporoMedicalUniversityMedicineSchool
  • 【刊 名】《中华微生物学和免疫学杂志》 2003年第23卷第11期,853-857页
  • 【关键词】轮状病毒 WH-1株 NSP2 基因序列 蛋白质 结构分析
  • 【文 摘】目的 克隆成人腹泻标本WH-1中B组轮状病毒组(group Brotavirus,GBRV)非结构蛋白NSP2基因,分析其核苷酸序列,比较与其它GBRV基因同源性,预测其mRNA二级结构、蛋白质二级结构。方法利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从成人腹泻标本WH-1中扩增GBRV NSP2基因,克隆载体pUCmT,对NSP2基因进行核苷酸序列分析。利用GeneBee软件比较与其它GBRV毒株NSP2基因同源性,Rnaviz2.0软件绘制NSP2基因的二级结构,PredictProtein软件分析NSP2蛋白结构。结果成人腹泻标本WH-1中GBRV非结构蛋白NSP2基因全长1007bD,与ADRV核苷酸序列的同源性达98%,与印度加尔各达分离株CAI-1达82%,与IDIR(鼠)同源性仅为79%。氨基酸序列与ADRV的同源性达98.4%,与CAL-1达97.7%,而与IDIR仅为89.0%。其mRNA折叠形成多达26个发卡环状结构。NSP2蛋白是由301个氨基酸残基组成的多肽,含有2个潜在的N-糖基化位点和多个磷酰化位点。结论成人腹泻标本WH-1中GBRV非结构蛋白NSP2基因和氨基酸序列与人GBRV有较高的同源性,而与动物中GBRV同源性相对较低,其中与ADRV的同源性最高,推测GBRV WH-1株与ADRV具有相同起源。
 
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