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河南省手足口病例肠道病毒71型分离株的全基因组序列分析

放大字体  缩小字体 更新日期:2016-02-09  浏览次数:1
摘 要:目的对2008年河南省手足口病患者体内分离的肠道病毒71型(EV71)进行全基因组核苷酸序列测定。方法采用RT-PCR扩增覆盖全基因组的8个重叠基因片段,双向测序,DNAStar软件中的MegAlig
  • 【题 名】河南省手足口病例肠道病毒71型分离株的全基因组序列分析
  • 【作 者】张绍丽 许汴利 郭万申 陈立 卫海燕 杜燕华 李幸乐
  • 【机 构】郑州大学公共卫生学院 河南省疾病预防控制中心 中国疾病预防控制中心
  • 【刊 名】《中华流行病学杂志》2009年 第9期 938-941页 共4页
  • 【关键词】肠道病毒71型 全基因组 序列分析
  • 【文 摘】目的对2008年河南省手足口病患者体内分离的肠道病毒71型(EV71)进行全基因组核苷酸序列测定。方法采用RT-PCR扩增覆盖全基因组的8个重叠基因片段,双向测序,DNAStar软件中的MegAlign等软件进行同源性分析,MEGA3软件进行进化树分析和做图。结果8个重叠基因片段序列拼接得到EV71全基因组序列,共7405个核苷酸,与其他EV71病毒基因组构成相似,在非编码区有核苷酸的插入和缺失。同源性分析:在P1区,HENAN08株与安徽株(AnhuiFY08)、深圳株(SHZH98和SHZH03)、浙江株(Zhejiang08)等毒株的核苷酸和氨基酸同源性分别大于91%和97%;与标准株(BrCr)和台湾流行株(Tw2086)的核苷酸和氨基酸同源性分别大于75%和82%;与CoxsackievirusA16(Cox.A16)的同源性最低,为68.7%和79.6%。在P2和P3区,HENAN08株与其他国内EV71株的同源性均较高,而与BrCr以及TW2086的同源性低于Cox.A16。P1区遗传进化分析表明:HENAN08株与AnhuiFY08和Zhejiang08的进化关系都密切,与Cox.A16疏远。结论HENAN08属EV71病毒的C4亚型,与AnhuiFY08、Zhejiang08和SHZH03进化途径类同。
 
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