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肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析

放大字体  缩小字体 更新日期:2016-02-09  浏览次数:0
摘 要:目的了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点。方法收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM.3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA。利用RT
  • 【题 名】肠道病毒71型北京分离株全基因组序列分析
  • 【作 者】姚昕 毛群颖 黄维金 何鹏 周诚 张卫 梁争论 李凤祥 王军志
  • 【机 构】中国药品生物制品检定所 北京100050 北京市疾病预防控制中心
  • 【刊 名】《中华流行病学杂志》2009年 第7期 729-732页 共4页
  • 【关键词】肠道病毒71型 基因型 手足口病
  • 【文 摘】目的了解2008年北京地区肠道病毒71型(EV71)分离株的全基因序列特点。方法收集北京地区手足口病患儿的咽拭子样本12份,对其中1份样品08YM.3,经Vero细胞分离培养,提取病毒RNA。利用RT-PCR和5’、3’RACE扩增EV71全长基因。对PCR产物克隆和测序。利用DNAStar软件包的MegAlign进行核苷酸序列分析,构建系统进化树。结果分离的EV71病毒株经过扩增后克隆得到3个涵盖EV71全基因组的阳性质粒,测序后拼接为EV71全基因组,命名为BJ08株。BJ08的5’非编码区(UTR)、P1、P2、P3、3’非编码区(UTR)和全基因组的核苷酸与C4亚型的参考序列同源性均最高,分另U为95.6%-96.7%、88.3%-96.1%、78.1%-94.0%、90.8%-94.6%、85.9%-94.1%和90.9%-93.9%。BJ08株与其他亚型各区段的核酸同源性均低于90%。在全基因序列与VP1区构建的系统进化树中,BJ08株均与C4亚型在同一分支。BJ08株与C4亚型参考株VP1区的6个亚型相关氨基酸序列一致,VP1抗原性表位(92~107aa)无变异。结论北京BJ08EV71病毒分离株为C4亚型。
 
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