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北京地区流行的HIV-1 CRF01AE株基因特征研究

放大字体  缩小字体 更新日期:2016-02-09  浏览次数:0
摘 要:目的 分析北京地区HIV-1 CRF01 AE株在的基因特征.方法 采集北京地区2006-2008年新确证HIV感染者的抗凝全血标本,分离血浆和提取病毒RNA,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒ga
  • 【题 名】北京地区流行的HIV-1 CRF01AE株基因特征研究
  • 【作 者】叶景荣 卢红艳 白立石 辛若雷 曾毅
  • 【机 构】中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所 北京100052 北京市疾病预防控制中心
  • 【刊 名】《中华流行病学杂志》2010年 第11期 1231-1234页 共4页
  • 【关键词】人类免疫缺陷病毒;亚型;巢式聚合酶链式反应
  • 【文 摘】目的 分析北京地区HIV-1 CRF01 AE株在的基因特征.方法 采集北京地区2006-2008年新确证HIV感染者的抗凝全血标本,分离血浆和提取病毒RNA,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,对获得的105条CRF01_AE株序列进行系统进化分析,并通过计算组间距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析病毒株的遗传特征.结果 在CRF01 AE株序列系统进化树中存在4个主要的亚簇,Homo-Max亚簇包含67例样本,同参考株CM240组间基因 离散率为5.4%,组内离散率为2.8%;Hetero亚簇包含6例样本,组间基因离散率为4.8%,组内离散率为4.2%.Mix亚簇包含8例样本,组间基因离散率为4.2%,组内离散率为5.2%.Homo-Min亚簇包含18例样本,组间基因离散率为4.4%,组内离散率为2.8%.Homo-Max、Hetero和Homo-Min亚簇无其他国家的序列,Mix亚簇与越南和泰国CRF01 AE株关系密切;核苷酸多态性分析结果显示,以Mix亚簇为参照,Homo-Max、Homo-Min和Hetero亚簇分别有37、29和11个位点的核苷酸组成,差异有统计学意义.结论 北京地区流行的CRF01_AE病毒株中首次观察到4个独立的亚簇;Homo-Max亚簇株为最主要的CRF01_AE株;Mix亚簇株与来自于泰国和越南的CRF01 AE株有较高同源性.
 
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